Si infatti mi sa che alcuni cluster del tuo hard disk, col tempo, si siano danneggiati. L'unica soluzione è fare una bella formattata generale a basso livello backuppando prima tutti i dati (questa solitamente è la parte più tosta, soprattutto con HDD di grosse capacità)
Ti consiglio di utilizzare questo TOOL, disponibile sia come installer che come eseguibile in versione portable. Inoltre questo tool ti permette di controllare anche diverse cose sulla tua memoria grazie ad un tab denominato S.M.A.R.T che sta per Self-Monitoring, Analysis and Reporting Technology e cioè, velocità, temperature, errori e tanti altri parametri quindi puoi consultarla ancor prima di formattare per capire se ci sono problematiche
Ti informo, ma credo sia già chiaro, che la tempistica di formattazione del tuo HDD è in funzione alla capacità di esso e nel tuo caso penso ci vorranno parecchie ore!
Inoltre potrebbe capitare che dopo la formattazione non viene riconosciuto dal tuo PC in quanto, il tool in questione, distrugge permanentemente non solo i file su di esso ma anche l'MBR (il Master Boot Record) e questo può comportare problemi del genere ma risolvibili mediante una semplicissima (ri)formattazione direttamente dal tuo Os (Tasto destro -> formatta) scegliendo il file system NTFS o Fat32 ricreando quindi le allocazioni di memoria necessarie per il corretto utilizzo.